软件著作权和专利权都是知识产权的一部分，但它们保护的对象、方式以及期限等方面存在显著差异。下面是两者的主要区别：

保护对象不同
软件著作权：主要保护计算机程序及其相关文档。著作权自动产生于作品创作完成之时，无需申请，但为了更好的法律保护，可以在某些国家或地区进行注册。
专利权：保护新的技术发明，包括产品、方法或其改进。这些发明必须具有新颖性、创造性和实用性。专利需要向相关机构提交申请，并通过审查才能获得。

保护范围不同
软件著作权：侧重于保护软件的表达形式，即源代码和目标代码，而不是软件所实现的功能。这意味着如果他人使用不同的代码实现相同的功能，不会构成侵权。
专利权：保护的是技术方案本身，即使是以完全不同的方式实现，只要该实现落入了专利的权利要求范围内，就可能构成侵权。

保护期限不同
软件著作权：在中国，软件著作权的保护期50年；如果是法人或其他组织，则为首次发表后50年，未发表的作品则为创作完成后50年。
专利权：发明专利的保护期为20年，实用新型专利和外观设计专利的保护期为10年，均从申请日起计算。

获得方式不同
软件著作权：通常在作品创作完成时自动产生，但在发生争议时，拥有注册证书可以提供更有力的证据支持。
专利权：必须经过正式申请并由专利局审查批准后才能获得。申请过程可能涉及复杂的手续和技术评估。

权利内容不同
软件著作权：包括发表权、署名权、修改权、复制权、发行权、出租权、信息网络传播权、翻译权等多项权利。
专利权：包括制造权、使用权、许诺销售权、销售权、进口权等。