流量入口，小程序商城的流量入口多达60多个，除了能够与公众号对接，将公众号作为流量入口外，还拥有附近小程序、搜一搜、朋友分享、群分享等众多入口。而微商城的流量入口主要依赖公众号发布软文，吸引粉丝关注，然后再将粉丝导流到商城。

交互体验，小程序商城体验接近原生App，操作延时较小，体验非常流畅和舒服。用户可以直接在微信里搜索到小程序，直接使用，好友也可以直接推荐小程序给你，点击就直接进入小程序，可以马上浏览商品，下单购买，使用起来非常方便。而微商城的体验方式相对较差，操作延时较大。

运营方式，小程序商城的运营方式多样，可以利用公众号发布软文，也可以利用附近小程序、搜一搜等入口吸引用户。而微商城的运营主要依赖于发布软文和广告推广。

性质不同，小程序是轻应用，只能依托在APP上，很多平台都有自己的小程序商城，比如微信小程序、支付宝小程序、百度智能小程序等。微商城是手机端商城，有自己的网址链接，可以在微信中分享并打开使用，绑定到公众号菜单栏就是“微商城”，在浏览器中也能打开，可以被搜索引擎收录。

用户的留存，小程序商城有着比较好的用户留存的效果，用户在使用过之后，可以通过微信下拉框、搜一搜等多种渠道，再次找到微信小程序，但是微商城的留存效果相对来说不如小程序的效果好，用户一旦离开，只能通过微信公众号这一种方式再次找到。