（1）开发方面：微商城系统基于微信平台开发，是开发者在微信公众平台所搭建的商城系统。而小程序则跟微信公众号一样，申请注册后再进行开发。微商城系统是基于H5开发的，其开发技术就是HTML5。而微信小程序是基于微信自身研发的编程语言，和HTML5有点类似，但交互驱动却不同。小程序是一种类似APP的轻应用，优于微商城系统，实现的功能也更多，对服务器的要求也更高，因此，微信小程序的开发成本和开发周期要比微商城系统的高和长。

（2）功能定制：小程序商城可以根据自己的需求进行定制开发，可以实现更多的功能和交互效果；而微商城则相对功能较为简单，主要以商品展示和购买为主。

（3）性质区别：小程序是轻应用，只能依托在APP上，很多平台都有自己的小程序商城，比如微信小程序，支付宝小程序，百度智能小程序，字节跳动小程序（头条小程序，抖音小程序），他们只能在各自的平台打开。微商城是手机端商城，有自己的网址链接，可以在微信中分享并打开使用，绑定到公众号菜单栏就是“微商城”，在浏览器中也能打开，可以被搜索引擎收录。只要其他APP，其他平台允许分享链接，允许在当前页面打开链接，手机端商城就能正常使用，工信部规定不能无故拦截正常的链接，所以手机端商城可以正常分享并使用。

（4）用户体验：小程序商城可以提供更加流畅的用户体验，因为小程序可以直接在微信内部打开，无需下载安装；而微商城需要用户先关注公众号，然后通过公众号菜单进入。

（5）推广方式：小程序商城可以通过微信小程序的搜索、推荐等功能进行推广；而微商城则主要通过微信公众号的关注、分享等方式进行推广。

（6）运营成本区别：小程序商城的运营成本相对较高，需要进行开发和维护；而微商城则相对较低，只需要进行公众号的运营和维护即可。